硬件加速的蛋白质推断框架
摘要：蛋白质推理在蛋白质组学研究中起着至关重要的作用。处理蛋白质推理问题有两种主要方法：自顶向下和自底向上。本文提出了一个蛋白质推理框架，使用硬件加速的蛋白质推理框架来处理自底向上方法中最重要的一步，即在组装过程中进行肽鉴定。在我们的框架中，已鉴定的肽段及其概率被用于预测对于给定的输入氨基酸序列与已鉴定肽段概率的最适合的参考蛋白簇。该框架是在FPGA上开发的，其中使用了硬件软件协同设计技术来加速蛋白质推理过程中的计算密集部分。在本文中，我们测量、比较和报告了在我们的框架中进行蛋白质推理过程所花费的时间与纯软件实现的时间。
作者：S.M. Vidanagamachchi, S.D. Dewasurendra and R.G. Ragel
论文ID：1403.1319
分类：Computational Engineering, Finance, and Science
分类简称：cs.CE
提交时间：2014-03-07