带有噪声读取的Shotgun测序的近最优组装
摘要：基于以没有读取错误（无噪声读取）为理想假设，最近的研究确定了成功的新生代无序测序数据中基因组重建所需的读取长度和覆盖深度的信息要求的基本限制。在本研究中，我们展示了即使读取中存在噪声，也可以在接近无噪声基本限制的信息要求下成功重构。一种新的装配算法，称为X-相位多桥接，基于基因组的概率模型进行设计。通过分析表明，该算法在模型上表现良好，并通过模拟在真实基因组上表现出色。
作者：Ka-Kit Lam, Asif Khalak, David Tse
论文ID：1402.6971
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2014-02-28