整合基因组学分析确定影响染色体间相互作用模式的人类染色体着丝点区域
摘要：基因组范围内的分析显示，人类染色体与彼此、核仁、核膜以及染色质状态调控蛋白CTCF和STAT1的结合位点之间的长程相互作用密度的分布呈非随机高度相关的模式。在选择的染色体的离散基因组区域中，检测到这些相互作用的显著共富集和聚类，这些区域位于着丝粒异染色质内，并被指定为间期染色质回归中心（CENTRICH）。与全基因组或染色体平均值相比，CENTRICH的染色体间结合位点的密度高199-716倍（P = 2.10E-101-1.08E-292）。序列比对分析显示，CENTRICH代表了大小为3.9至22.4 Kb的独特DNA序列，这些序列具有以下特点：1）与核仁相关；2）具有高度多样化的与DNA结合的染色质状态调控因子，包括CTCF和STAT1结合位点的富集；3）与多个基因间疾病相关基因组位点（IDAGL）结合，并具有经证实的长程增强子活性，与上皮肿瘤和其他常见人类疾病的风险增加有关。使用SNP位点在CENTRICH基因组坐标内的寄宿位点距离作为疾病相关SNP位点结合CENTRICH的可能性的代理，我们证明了SNP位点结合CENTRICH的概率与癌症、冠状动脉疾病和2型糖尿病等疾病的GWAS定义的增加风险的比率之间存在统计学上显著的相关性。我们的分析表明，着丝粒序列和着丝粒异染色质可能在人类细胞中发挥重要作用，超出染色体分离的关键功能。
作者：Gennadi V. Glinsky
论文ID：1401.2238
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2014-01-13