长链硫酸盐测序读数的快速且准确对齐
摘要：更长的测序读长现在已经普遍存在，每个模板至少有200个碱基。尽管传统的比对工具已经采用了新的策略来改进对较长读长的比对，但针对亚硫酸盐测序而优化的比对工具通常用于较短读长。我们试图首次使用较长读长进行比较，以确定哪种比对工具最准确和高效，并评估一种新的软件工具bwa-meth，它基于传统的比对工具，支持插入、删除和剪切比对。我们通过比较定向测序项目中的靶向读序的在靶和非靶比对结果数量以及模拟来评估准确性。可用性和实施：基准测试脚本和bwa-meth软件可在MIT许可下的https://github/com/brentp/bwa-meth/获取。
作者：Brent S. Pedersen, Kenneth Eyring, Subhajyoti De, Ivana V. Yang and David A. Schwartz
论文ID：1401.1129
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2014-05-14