一种快速可扩展的基于纳米通道的光学DNA映射的细胞膜轴突图对齐算法
摘要：通过直接可视化纳米通道中拉伸的DNA分子的序列特异性荧光标记，光学映射代表了一种有前景的疾病诊断和基因组学工具。这种技术面临的一个重要挑战是DNA在进行成像过程中的热运动；这会使DNA上的荧光模式模糊，并导致信息丢失。纳米通道光学映射工作流的一个常见的预处理步骤是对这种效应进行校正（称为动态图纠正），我们在这里介绍了一种通过模式识别实现这种校正的高效算法。我们将我们的方法与先前的方法进行了比较，并发现我们的方法在产生类似质量的数据的同时，速度提高了数个数量级。我们通过实验数据展示了我们方法的原理证明，该数据包括熔解映射的噬菌体DNA。
作者：Charleston Noble, Adam N. Nilsson, Camilla Freitag, Jason P. Beech, Jonas O. Tegenfeldt, Tobias Ambj"ornsson
论文ID：1311.6379
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2015-01-21