通过扫描统计学识别染色体易位热点
摘要：在下一代测序数据分析中，检测基因组区域中富集特定模式的区域是一个重要的任务。最近在活化的B淋巴细胞中对染色体易位的研究发现了经常易位到c-myc癌基因的区域。一个定量的方法来识别易位热点对于这项研究至关重要。我们通过使用一个简单的概率模型和扫描统计提供的框架来改进这种分析，来定义易位断点热点的数量和位置。我们方法的一个关键特点是它提供了一个全局的染色体范围显著水平的聚类，而不是基于局部标准的先前方法。虽然受到特定应用的启发，检测异常聚类是生物信息学中普遍存在的问题。我们预计我们的方法在分析来自其他实验方法，如ChIP-seq和4C-seq的数据中将会有用。
作者：Israel T. Silva, Rafael A. Rosales, Adriano J. Holanda, Michel C. Nussenzweig, Mila Jankovic
论文ID：1310.3291
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2022-02-03