大西洋马蹄蟹基因组的联合组装和遗传图谱揭示了古老的全基因组复制
摘要：沙螺属是一种海洋节肢动物，其化石记录可以追溯到大约4.5亿年前。它们在漫长的进化历史中表现出显著的形态稳定性，保留了许多祖先节肢动物的特征，常被引用为“活化石”的例子。作为节肢动物，它们属于蜕皮动物(Ecdysozoa)，这个古老的超门的基因组序列（包括昆虫和线虫）迄今显示出与真多细胞动物基因组组织的祖先模式的差异要大于刺胞动物、后肠动物和吸虫动物。然而，蜕皮动物的大部分多样性在比较基因组分析中仍未得到代表。在这里，我们使用一种新的策略，结合新组装和基因组定位，来研究大西洋沙螺的染色体级基因组组织。通过测序34个野生收集的全同胞胎和其父母的核DNA，平均冗余度为每个样品1.1倍，我们构建了一个2.7 Gbp基因组的遗传连锁图。该连锁图包括84,307个序列标记和5,775个候选保守蛋白编码基因。与其他多细胞动物基因组的比较表明，L. polyphemus基因组保留了祖先双侧动物的连锁基因组，现代沙螺的共同祖先经历了一次或多次约3亿年前的古老全基因组复制(WGD)，随后发生了大量染色体融合。
作者：Carlos Nossa, Paul Havlak, Jia-Xing Yue, Jie Lv, Kim Vincent, H Jane Brockmann, Nicholas H Putnam
论文ID：1309.7402
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2014-06-19