用形式概念分析实现蛋白质域的背部载体
摘要：通过识别可靠的域-域相互作用（DDIs），我们能够增加预测新蛋白质-蛋白质相互作用（PPIs）的能力，解开蛋白质复合物中的相互作用，从而获得更多关于基因功能和行为的信息。识别可靠DDIs的一个挑战是域的多样性。多样性域是指可以出现在许多域架构中，因此存在于许多蛋白质中的域。这对于一种方法来说是一个问题，其中域对的评分是观察到和预期频率之间的比率，因为PPI网络是稀疏的。因此，许多蛋白质对将是非相互作用的，而具有多样性域的域对将受到惩罚。解决从PPIs中推断可靠DDIs的这个域多样性挑战已得到认可，并提出了一些解决方法。在本文中，我们报告了形式概念分析（FCA）在这个问题上的应用。我们发现形式概念之间的关系为罕见的域提供了一种将多样性域提升到更高排名，并丰富具有可靠DDIs的高排名域对的自然途径。这种通过罕见域将多样性域“贴”在一起的方式是可能的，这是由于蛋白质的域架构将多样性域与罕见域混合在一起。
作者：Susan Khor
论文ID：1309.0801
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2014-02-21