TreeOTU：基于系统发生树的操作性分类单元分类
摘要：蛋白质编码基因家族作为备选的系统发育和生态系统发育标记（PhyEco），是对小亚基rRNA（ssu-rRNA）的系统发育标记的限制的一种应对手段。当前的基于核苷酸序列相似性的操作分类单元（OTU）分类方法不适用于PhyEco标记的氨基酸序列。我们在这里报道了TreeOTU的开发，一种基于系统发育树结构的OTU分类方法，该方法考虑了不同类群和基因之间的演化速率差异。由TreeOTU构建的OTU集比ssu-rRNA的序列聚类（非系统发育）方法更符合系统发育树结构。由蛋白质编码的PhyEco标记的系统发育树构建的OTU与我们当前的分类在不同级别上相当。通过包含的OTU比较工具，TreeOTU在使用不同的系统发育标记和系统发育树进行系统发育参考时具有稳健性。
作者：Dongying Wu, Ladan Doroud, Jonathan A. Eisen
论文ID：1308.6333
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2013-08-30