利用组蛋白修饰进行细胞类型的系统发育分析
摘要：细胞分化的过程中，即使所有细胞都具有相同的基因组，但一个较不专门化的细胞经过转录因子和表观遗传标记（如组蛋白修饰）的作用，可以成为一个较专门化的细胞。本文通过基于ChIP-Seq组蛋白修饰数据的系统发生学推断，对细胞类型和分化路径进行了简单的分析。我们提出了新的数据表示技术和ChIP-Seq数据的距离度量方法，并将其与标准的系统发生学推断方法相结合，构建起具有生物学意义的树形结构，显示出不同类型的细胞之间的关系。我们使用H3K4me3和H3K27me3数据分别对37种和13种细胞类型进行了验证，并利用数据集探索了有关重复数据、同一类型细胞之间的变异性以及稳健性等各种问题。我们获得的有希望的结果指出了一种研究细胞分化的新方法。
作者：Nishanth Ulhas Nair, Yu Lin, Philipp Bucher, and Bernard M.E. Moret
论文ID：1307.7919
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2013-07-31