注定成功：转录因子结合位点预测及其对理解植物细菌病原体的毒力和环境适应性的贡献
摘要：细菌植物病原体对一系列转录因子依赖进行微调，以应对不断变化的环境条件，并调动所需的遗传资源以成功发病。预测转录因子结合位点是阐明调控网络的重要工具，并已在多个属的植物病原细菌中进行，以更好地理解生存和发病机制。本文回顾了已经揭示的主要转录因子结合位点的类别，重点介绍了用于位点识别的基于计算模拟的方法和其中的挑战，以及它们对不同类型序列数据集的适用性，并通过结合位点映射获得的关于毒力和生存机制的见解。还讨论了使用现有模型筛选未经表征基因组时建立 E 值截断值的改进策略。
作者：Surya Saha, Magdalen Lindeberg
论文ID：1306.6124
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2013-06-27