刺身图：RNA测序读取比对的定量可视化
摘要：引言 我们介绍了Sashimi图，这是一种定量的多样本可视化mRNA测序读数与基因注释对齐的方法。Sashimi图是利用SAM / BAM格式中的对齐和GFF格式中的基因模型注释制作的，可以由用户自定义制作或从Ensembl或UCSC等数据库获取。我们描述了两种Sashimi图的实现方式：（1）面向制作可定制的出版质量图形的独立命令行实现，以及（2）集成到Integrated Genome Viewer（IGV）浏览器中的实现，可以快速动态地创建任何感兴趣的基因组区域的Sashimi图，适用于对转录组中可选择剪接区域进行探索性分析。MISO程序输出的亚型表达估计可以选择性地与Sashimi图一起绘制。Sashimi图可用于快速筛选感兴趣的基因组区域中的差异剪接外显子，并可用于出版质量图形。Sashimi图软件和文档可从以下网址获得：http://genes.mit.edu/burgelab/miso/docs/sashimi.html
作者：Yarden Katz, Eric T. Wang, Jacob Silterra, Schraga Schwartz, Bang Wong, Jill P. Mesirov, Edoardo M. Airoldi, Christopher B. Burge
论文ID：1306.3466
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2018-06-29