基因组测序揭示了受选择的基因和犬科动物早期演化的动态历史
摘要：狗驯化的起源和早期进化历史的遗传变化, 我们分析了三只灰狼的新的高质量基因组序列, 分别来自三个狗驯化的候选中心, 两个古代狗系谱(巴戎基和丁哥), 作为对照的金黄狼。我们发现狗和狼通过一个涉及两个后天相互作用的种群瓶颈的动态过程分化, 这使得以前有关狗起源的推断变得更加复杂。在狗中, 驯化瓶颈是严重的, 人口数量减少了17到49倍, 比以前使用较少测序技术估计的瓶颈要强得多。在狼分化后不久, 发生了一个激烈的瓶颈, 这意味着狗原始多样性池要比现代狼种群所代表的要更大。根据突变速率,我们将初始犬驯化的日期的可能范围缩小到11到16千年前的一个区间。这个时期早于农业的崛起, 意味着最早的狗是与狩猎采集者一起出现的, 而不是与农夫一起出现的。关于狗的地理起源, 我们发现, 令人惊讶的是,没有一个来自候选驯化中心的现存的狼种群与狗更密切相关, 这些取样的狼反而形成了一个姐妹系统分类群。这个结果以及我们发现的犬驯化过程中狗狼交配的证据, 暗示需要重新评估过去关于狗起源的假设。最后, 我们还检测到选择的迹象, 包括与形态、代谢和神经发育有关的基因选择的证据。独特的是,我们发现了在调节位点的选择扫描中支持基因调控变化在狗驯化中起到了关键性的作用。
作者：Adam H. Freedman, Rena M. Schweizer, Ilan Gronau, Eunjung Han, Diego Ortega-Del Vecchyo, Pedro M. Silva, Marco Galaverni, Zhenxin Fan, Peter Marx, Belen Lorente-Galdos, Holly Beale, Oscar Ramirez, Farhad Hormozdiari, Can Alkan, Carles Vil`a, Kevin Squire, Eli Geffen, Josip Kusak, Adam R. Boyko, Heidi G. Parker, Clarence Lee, Vasisht Tadigotla, Adam Siepel, Carlos D. Bustamante, Timothy T. Harkins, Stanley F. Nelson, Elaine A. Ostrander, Tomas Marques-Bonet, Robert K. Wayne, John Novembre
论文ID：1305.7390
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2013-06-05