利用结构和进化信息检测和纠正非编码RNA中的热释电测序错误
摘要：RNApyro：一种用于计算RNA分子中序列-结构关系的高效算法 摘要：分析RNA分子中序列-结构关系对于进化研究以及测序技术中的纠错方法等具体应用至关重要。由于突变和构象空间的庞大规模以及待处理数据的数量庞大，需要高效算法来计算序列-结构属性。具体而言，本文旨在计算哪些突变最大程度地增加了序列与给定结构和RNA家族之间的可能性。在本文中，我们引入了RNApyro，一种高效的线性时间和空间的内外算法，可以在给定的多序列比对和一致性结构条件下计算出精确的突变概率。我们设计了一个得分方案，将经典的堆叠碱对能量与新颖的等价性尺度相结合，并将我们的技术应用于纠正5s和16s rRNA序列中的逐点错误。我们的结果表明，RNApyro是一种有望在现有的NGS纠错流程中补充现有工具的算法。
作者：Vladimir Reinharz, Yann Ponty (LIX, INRIA Saclay - Ile de France), J''er^ome Waldisp"uhl
论文ID：1305.7068
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2013-05-31