增强转录组组装的组合方法
摘要：使用RNA-seq技术可以检测和精准量化转录本，提供对外显子/内含子边界的全面了解，帮助发现可选择性剪接的异构体和融合转录本，并测量等位基因的表达。对于研究和构建转录组的研究人员，尤其是对非模型物种，往往面临选择哪种可用的新建和基因组导向的组装工具的困境。需要进行全面的比较研究以评估和评估它们在转录组组装、重建和恢复方面的效率和敏感性。目前在使用的流行组装工具中，没有一个可以单独实现所需的敏感性、特异性或全长转录本的恢复。因此，必须开发方法来增强从多个工具生成的组装，同时最小化错误的累积。在这里，我们提出了一种基于对流行的新建和基因组导向转录组组装工具进行严格比较研究的组合增强转录组组装的方法。
作者：Prachi Jain (1), Neeraja M. Krishnan (1) and Binay Panda (1 and 2) ((1) Ganit Labs, Bio-IT Centre, Institute of Bioinformatics and Applied Biotechnology, Bangalore, India, (2) Strand Life Sciences, Bangalore, India)
论文ID：1305.6259
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2013-06-03