基因-基因相互作用研究中的可变长度单倍型构建
摘要：用于基因-基因相互作用研究中，鉴定最能描述疾病易感性的候选双等位基因标记集合的非参数分类技术. 该技术通过将推断的单倍型与病例/对照状态进行映射来实现. 该技术循环遍历所有可能的标记组合模型，其中最佳相互作用模型由预测准确性和两个辅助标准（包括低至高阶单倍型传播能力和模型简约性）确定. 由于在最佳模型确认过程中创建可变长度单倍型，所以该技术被称为基因-相互作用可变长度单倍型构建（VarHAP）技术. VarHAP已在多因素尺度缩减（MDR）程序和嵌入在FAMHAP程序中的单倍型相互作用技术中进行了基准测试，用于各种两基因位点相互作用问题. 结果表明，VarHAP适用于存在弱和强连锁不平衡的所有相互作用情况.
作者：Anunchai Assawamakin, Nachol Chaiyaratana, Chanin Limwongse, Saravudh Sinsomros, Pa-thai Yenchitsomanus, Prakarnkiat Youngkong
论文ID：1305.4333
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2013-05-21