在结构和序列约束下的灵活RNA设计：使用形式语言
摘要：RNA次级结构设计（也称为逆向折叠）的问题是：给定一个目标次级结构，目标是创建一个可以折叠成或与给定结构兼容的序列。在生物学的几个实际应用中，还必须考虑到其他约束条件，比如在特定位置或序列中的存在/缺失的调控基序。在本研究中，我们研究了从目标次级结构设计RNA序列的问题，并考虑了这些额外的序列约束。为此，我们基于语言理论的概念，即上下文无关文法和有限自动机，开发了一个通用框架。我们将一组全面的约束高效地组合成一个规模适中的上下文无关文法。从那里，我们使用通用算法来执行（加权的）随机生成或穷举枚举候选序列。该方法的复杂度与RNA的长度成线性关系，并实现为一个独立的程序。生成的软件被嵌入到一个公开可用的专用网站服务器中。该方法在针对Exon剪接增强子的具体案例研究中的适用性得到了证明，我们的方法在设计“体外”实验中取得了成功。
作者：Yu Zhou (LRI, CMM), Yann Ponty (LIX, INRIA Saclay - Ile de France), St''ephane Vialette (LIGM), J''er^ome Waldisp"uhl, Yi Zhang, Alain Denise (LRI, INRIA Saclay - Ile de France, IGM)
论文ID：1305.3830
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2013-08-02