关于采样SCJ重排场景
摘要：基于单割或连结 (SCJ) 操作的基因组，通过融合和分离推广了染色体演化，是已知的计算最简单的基因组重排模型。尽管大多数基因组重排问题在比较三个基因组时已经很困难，但可以在多项式时间内计算出由二进制系统树相关的任意数量基因组的最简约SCJ情景。在这里，我们考虑了采样和计数最简约SCJ情景的问题。我们证明了对于两个基因组来说，采样和计数问题都很容易，并将SCJ情景与交替排列相关联。然而，对于由二进制系统树相关的任意数量基因组，计数和采样问题变得困难。我们证明了如果存在对最简约SCJ情景的全多项式随机近似方案或全多项式几乎均匀采样器，则RP = NP。该证明的范围并不局限于基因组重排：相同的结果适用于任何离散特征集上的最简约进化情景。
作者：Istvan Miklos, Sandor Z. Kiss, Eric Tannier
论文ID：1304.2170
分类：Computational Engineering, Finance, and Science
分类简称：cs.CE
提交时间：2013-04-09