提高转录组组装质量的方法：通过修正高通量测序读数中的错误
摘要：功能基因组学的研究-特别是非模式生物-在过去几年中通过转录组和RNA测序得到了显著改进。虽然这些研究潜力巨大，但需要完成一个计算密集型的程序-无先验建立一个参考转录组-作为进一步分析的先决条件。准确的参考是非常重要的，因为所有后续步骤，包括估计基因表达量都严重依赖于准确的参考构建。尽管在组装方面已经做了大量研究，但是在组装之前的预组装过程最近才被详细研究。具体来说，已经报道了几个独立的错误修正模块，虽然它们已经证明在测序读数的水平上减少错误，但错误修正对组装准确性的影响大部分尚不清楚。在这里，我们通过使用模拟数据集的方法显示，将错误修正应用于测序读数对组装准确性有显着的正面影响，将组装错误减少近50％，因此应该将其应用于所有数据集。
作者：Matthew D MacManes and Michael B Eisen
论文ID：1304.0817
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2013-07-25