随机生成序列和病毒基因组中GC含量与回文之间的相关性
摘要：GC-含量与病毒基因组演化引起的对称序列是每个生物的独特特征。我们的研究目标是建立野生型病毒和随机生成基因组中GC-含量与对称密度之间的相关性。从GenBank下载了40个病毒基因组，使用Mathematica计算和绘制了它们的GC-含量和对称密度。随机生成序列的对称密度- GC-比率图（对称密度曲线）展现了一个二次关系，并且与病毒基因组的图形相重叠。观察到病毒图形遵循随机序列二次曲线的曲度，表明GC-含量与病毒基因组中对称密度之间存在直接比例关系。然而，由于病毒基因组需要特定的非对称序列来发挥功能，大多数野生型基因组的对称密度低于对称密度曲线。通过研究野生型基因组对随机序列二次曲线的对称密度差异，可以确定基因组的进化特征。对病毒对称密度和GC-含量的更好理解有助于了解病毒基因组中保守的二级RNA结构和未来的药物研发。此外，还发现某些病毒基因组可作为可行的重组病毒，用于基因治疗。
作者：Andrew Ninh
论文ID：1302.5869
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2013-02-26