冷冻切片果蝇胚胎中的mRNA测序：确定基因表达的全基因组空间模式
摘要：通过监测转录本和蛋白质的原位显微成像来确定胚胎分化中的基因表达空间模式是一种难以实施且耗时的方法。尽管高度自动化的情况下，在整个基因组范围内确定空间表达模式仍然困难。相比之下，测序速度快且适用于全基因组，但通常仅适用于均一化的组织样本，丧失了空间信息。这两种方法可能最终会融合，我们将能够在原位测序RNA，同时确定其身份和位置。作为这条路上的一步，我们开发了方法，通过沿胚胎前后轴切割个别Blastoderm阶段的果蝇胚胎，并测序从每个25微米切片中分离的mRNA。我们推测的基因表达空间模式与先前由原位杂交和显微镜法确定的模式非常接近。我们将这种方法应用于从受精后不久到胚胎原肠形成期的基因表达时间序列。我们鉴定出许多基因具有尚未在多个进行中系统性原位实验中描述的空间模式。这个简单的实验展示了结合精确的解剖切割和高通量测序以在全基因组尺度上获得空间解析基因表达的潜力。
作者：Peter A. Combs, Michael B. Eisen
论文ID：1302.4693
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2013-08-15