汇集单细胞记录：通过异质动力学实现可扩展推断
摘要：数学方法与单细胞动力学的测量为重建仅在一定程度上或间接可通过实验获得的胞内过程提供了前所未有的手段。为了获得可靠的重建结果，必须合并来自克隆细胞群的多个细胞的测量数据。由于源于不同来源的群体细胞间的可变性，从而引入了新的计算挑战来进行过程重建。我们介绍了一个精确的贝叶斯推断框架，它适当地考虑了种群异质性，同时在合并细胞数量方面保持可扩展性。关键要素是一个捕捉了群体异质动力学的随机过程。该方法可以推断无法访问的分子状态、动力学参数，计算贝叶斯因子，并分析数据的内在、外在和技术贡献对变异性的影响。我们还展示了如何将额外的单细胞读出（如形态特征）纳入分析。然后，我们基于时间点显微镜数据重建了酵母中诱导GAL1启动子下基因的表达动力学。根据贝叶斯模型选择，数据没有证据表明该启动子存在不应期。
作者：Christoph Zechner, Michael Unger, Serge Pelet, Matthias Peter and Heinz Koeppl
论文ID：1302.3152
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2014-01-14