系统范围的分析低估了哺乳动物蛋白质丰度和转录的重要性
摘要：蛋白质水平的中位丰度为每个细胞8,000-16,000分子，基因间mRNA表达的差异仅解释了蛋白质水平差异的10-40％。然而，我们发现这些调查严重低估了蛋白质丰度和转录的相对重要性。使用61个常规蛋白质的个体测量结果，我们重新调整了Schwanhausser等人提供的整个蛋白质组数据，发现检测到的中位蛋白质在每个细胞中表达为170,000分子，并且我们修正的蛋白质丰度估计与mRNA丰度呈更高的相关性。此外，我们估计了mRNA和蛋白质丰度的进一步误差对蛋白质丰度差异的影响，结果显示mRNA水平至少解释了Schwanhausser等人检测到的基因的蛋白质丰度差异的56％，尽管由于一个主要误差来源无法估计，真实百分比可能更高。我们还采用了第二种独立策略来确定mRNA水平对蛋白质表达的贡献。我们发现，由核糖体剖析直接测量的翻译速率方差仅为Schwanhausser等人推断的12％，测量和推断的翻译速率相关性很低（R2=0.13）。基于此，我们的第二种策略表明，mRNA水平解释了约81％的蛋白质水平的变异。我们还使用两种策略来确定转录、RNA降解、翻译和蛋白质降解对蛋白质丰度变异的贡献百分比。虽然两个估计值的大小不同，但它们都表明转录的作用比早期的研究暗示的更重要，而翻译的作用更小。
作者：Jingyi Jessica Li, Peter J. Bickel and Mark D. Biggin
论文ID：1212.0587
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2021-12-01