通过对宏基因组数据集进行连通性分析揭示的Illumina测序伪迹
摘要：元宏组学数据集中的测序错误和偏差影响基于覆盖率的组装，在分析过程中常常被忽略。在这里，我们分析元宏基因组中的读取连接性，并鉴定组装图中存在问题的和可能的非生物连接性。具体而言，我们确定了高度连接的序列，这些序列在每个真实的元宏基因组内连接了大部分的读取。这些序列在shotgun读取中显示出位置特异性的偏差，暗示测序的人为问题，并且在组装中仅稍微纳入了contigs中。在组装之前去除这些序列会导致大多数元宏基因组的类似组装内容，并且可以使用图的划分来减少组装所需的内存和时间。
作者：Adina Chuang Howe, Jason Pell, Rosangela Canino-Koning, Rachel Mackelprang, Susannah Tringe, Janet Jansson, James M. Tiedje, C. Titus Brown
论文ID：1212.0159
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2012-12-04