利用RNA-Seq数据进行癌症网络推断
摘要：癌症系统生物学的一个重要挑战是揭示在癌症中涉及的基因（抑癌基因和癌基因）之间的复杂相互作用网络。下一代测序技术提供了探测整套癌症基因及其转录异构体表达水平的无与伦比的能力。然而，解读高维测序数据并推断潜在遗传网络存在繁重的统计和计算问题。在本研究中，我们分析了来自69名人类个体的淋巴细胞系的RNA-Seq数据，并实施了一个概率框架来构建有生物学意义的遗传网络。特别是，我们采用了图形套索分析，这是受到了最大熵形式主义的启发，来估计RNA-Seq数据的稀疏逆协方差矩阵。基因本体论、通路富集和蛋白质-蛋白质路径长度分析均被用来验证预测的相互作用的癌症基因异构体网络的生物学背景。
作者：Ying Cai, Bernard Fendler, Gurinder S. Atwal
论文ID：1211.4543
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2012-12-10