非模式生物的全新基因组分析：跨多物种数据集的方法评估
摘要：高通量测序（HTS）正在通过使科学家能够快速且廉价地查询基因组尺度上的变异，从而改变生物学研究。尽管获取这些数据的难度越来越小，但有效地使用这些数据仍然面临着显著的挑战，尤其是对于没有高质量参考基因组的生物来说。在进行各个分析阶段时，从装配到注释再到变异发现，研究人员必须在进行推断之前将技术性的人工因素与数据的生物现实区分开来。在这项工作中，我通过为蜥蜴群体生成大规模的全新比较转录组数据集，并构建了一个分析这些数据的流程，探索了这些挑战。然后，我使用一组新的指标和一个外部验证的变异数据集，测试了我的方法的有效性，找出了改进的空间，并提出了减少这些错误的方法。我发现，通过仔细的数据整理，HTS可以成为为非模式生物生成基因组数据的强大工具。
作者：Sonal Singhal
论文ID：1211.1737
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2012-11-09