定量鉴别诱导多能干细胞、胚胎干细胞和体细胞的系统
摘要：胚胎干细胞（ESCs）和诱导多能干细胞（iPSCs）是来源于体细胞（SCs）的有希望的再生医学和医学研究资源，导致每天发现新的细胞系。然而，缺乏一个有效的系统来区分细胞系。在这里，我们开发了一个定量系统来区分三个细胞类型，iPSCs、ESCs和SCs。该系统包含DNA甲基化生物标记和数学模型，包括人工神经网络和支持向量机。所有的生物标志物都是通过计算来自全基因组DNA甲基化分析的特征基因得分来无偏选择的。使用30个生物标记，甚至只有3个顶级生物标记，这个系统可以几乎100\%准确地区分SCs和ESCs以及iPSCs，而使用约100个生物标记，该系统可以以95\%的准确率区分ESCs和iPSCs。该健壮的系统在原始数据和转换数据（连续甲基化水平被考虑在内的数据）上表现出精确性。令人惊讶的是，该系统甚至能够准确预测来自不同微阵列平台和下一代测序的新样本。这个系统还可以区分细胞的亚型，如女性和男性iPSCs和胎儿和成年SCs。因此，这个定量系统作为一个新颖的通用和准确的框架来区分三种细胞类型，iPSCs、ESCs和SCs，并支持DNA甲基化通常在这三种细胞类型之间变化的观点。 标题：一种定量系统用于区分iPSCs、ESCs和SCs的新方法
作者：Anyou Wang
论文ID：1210.5779
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2013-02-15