两种骨髓样细胞系核蛋白质组的改进蛋白质组学分析
摘要：2D凝胶蛋白质组学分析中的一个挑战是可视化低丰度蛋白质，特别是在细胞器中定位的蛋白质。核蛋白质的额外问题在于它们与核酸的强相互作用。已经尝试了几种实验程序来增加核提取物中核蛋白质与污染蛋白质的比率，并获得与2D凝胶电泳兼容的可重复条件。选择了NaCl程序来测试该程序的有效性。为了测试该程序的相关性，通过2D凝胶电泳的蛋白质组学方法比较了巨噬细胞和树突状细胞的核蛋白质表达谱。Delta 2D软件和质谱分析使得我们能够确定出一些感兴趣的蛋白质。我们选择了其中一些参与转录调控和/或染色质结构的蛋白质进行进一步验证。免疫印迹实验表明，大多数观察到的变化是由于翻译后修饰，从而阐明了2D凝胶方法的可行性。最后，这种方法不仅能够获得丰度较高的核蛋白质，还可以获得丰度较低的蛋白质，例如HP1蛋白质，并加强了在蛋白质组学中使用2D凝胶的兴趣，因为它能够显示带有修饰的完整蛋白质。
作者：C''ecile Lelong (LCBM), Mireille Chevallet (LCBM), H''el`ene Diemer (IPHC-DSA), Sylvie Luche (LCBM), Alain Van Dorsselaer (IPHC-DSA), Thierry Rabilloud (LCBM)
论文ID：1210.4938
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2012-10-19