敏感超螺旋基因启动子区核苷酸序列的结构属性：如何将微阵列表达数据与基因组序列相关联
摘要：染色体中的超螺旋水平可以影响基因表达。为了阐明对超螺旋敏感性的基础，我们分析了在大肠杆菌中失去染色体超螺旋而基因表达增强和减少的启动子附近的核苷酸序列的结构特征。对超螺旋敏感基因的启动子序列进行傅里叶分析，揭示了在弛驰诱导基因中选择周期接近于10nt的螺旋序列的趋势，而在弛驰抑制基因中选择周期接近于11nt的螺旋序列。还研究了被不同σ因子识别的启动子子集中的螺旋周期性。还开发了一种特殊的方法来研究启动子序列中周期强度与相应基因表达水平之间的相关性。表达水平与AT含量以及10、11和50nt左右的AT周期的显著相关性表明它们在调节超螺旋敏感基因中起着作用。
作者：Galina I. Kravatskaya, Vladimir R. Chechetkin, Yury V. Kravatsky and Vladimir G. Tumanyan
论文ID：1210.4313
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2012-10-17