蛋白质功能影响编码区域中包含VNTRs的频率和独特相互作用的数量
摘要：基因中含有可变数目串联重复序列（VNTR）区域的编码蛋白已知在物种内具有多态性，但其不稳定性对分子相互作用的影响仍不清楚。VNTR在某些功能组的编码序列中过度表示，其中其存在可能会影响蛋白质相互作用。使用人类共识编码序列，本研究研究了由VNTR区域确定的基因组不稳定性是否影响蛋白质相互作用的数量。结果显示，与蛋白质功能相关，人类蛋白质中唯一相互作用的频率随重复区域数目的增加而增加。这支持了实验证据，表明重复扩增可能导致分子相互作用的增加。基因多样性，通过Ka/Ks估计，似乎随着蛋白质相互作用的增加而减少。此外，G+C和CpG含量与VNTR出现频率的增加呈负相关。这可能表明，核苷酸组成以及选择性过程可以增加基因组的稳定性，从而限制重复区域的扩增。参与乙酰化的蛋白质与重复区域和相互作用的数量高度相关，但G+C和CpG含量较低。而相反，较少相互作用的膜蛋白质含有较少的重复区域，但C+G和CpG水平较高。这项研究进一步证实，VNTR可能提供了在蛋白质之间生成独特相互作用的遗传变异性。
作者：Suzanne Bowen
论文ID：1209.5760
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2012-09-28