SSW库：用于基因组应用的SIMD Smith-Waterman C/C++库
摘要：快速优化的Striped Smith Waterman (SSW) 算法在单指令多数据 (SIMD) 中常被用作关键组件，用于快速启发式的序列比对和变异检测工具。为了方便将SSW算法集成到第三方软件中，我们编写了一款C/C++库，该库扩展了Farrar的SSW算法，使其除了返回最优SW分数外，还可返回比对信息。SSW可作为C/C++软件库使用，也可作为独立的比对工具，以同时包含库的功能。该库可在https://github.com/mengyao/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library上获得。联系人：[email protected]
作者：Mengyao Zhao, Wan-Ping Lee, Erik Garrison and Gabor T. Marth
论文ID：1208.6350
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2014-03-05