蛋白质折叠和聚集模拟的氢键模型
摘要：蛋白质折叠和聚集过程中的氢键是一个常见的特征。由于其在强度和方向性方面的化学特性，需要特别关注氢键势的定义。本文通过基于蛋白质的简化描述和算法的恰当设计，采用计算方法进行了全局调控。我们设计了一种氢键势，详见J. Chem. Phys. 132, 235102 (2010)。我们对不同条件下（如温度和浓度）的无序多肽系统进行了全面的研究。为了进行全面的蛋白质研究，我们需要额外的势能来描述三级相互作用。我们讨论了两种不同的观点。第一种是将氢键势与基于结构的势能相结合。我们评估了氢键的正确定义对蛋白质折叠的热力学和动力学方面的影响，详见Biophys. J. 101，1474-1482 (2011)。我们采取了第二种策略，将通用疏水模型与氢键模型相结合。将折叠和聚集的两个主要因素合并，从而创建一个简单而完整的势能。借助该势能，我们重新研究了包括序列在内的多肽聚集。此外，我们还模拟了具有不同折叠形状的完整蛋白质。我们分析了折叠和聚集之间的竞争，以及序列和氢键如何影响它们之间的相互作用，详见J. Chem. Phys. 136, 215103 (2012)。
作者：Marta Enciso
论文ID：1208.2177
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2012-08-13