蛋白质运动的快速模拟：融合柔性、刚性和正常模式分析
摘要：使用弹性网络模型中的正常模式分析、使用弹珠游戏算法的刚性分析以及蛋白质运动的几何模拟，本文介绍了三种计算廉价的模拟方法的结合，用于探索沿着正常模式特征向量的构象变化。使用ELNEMO和FIRST/FRODA软件的组合，可以在几分钟内使用台式计算机资源快速探索具有成百上千个残基的蛋白质中的大幅运动。我们将该方法应用于六个代表性的蛋白质，涵盖了不同大小和结构特征的范围，并展示了该方法在每种情况下识别出特定类型的运动，并确定其幅度限制。
作者：J. E. Jimenez-Roldan and R. B. Freedman and R. A. R"omer and S. A. Wells
论文ID：1201.5531
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2012-02-10