随机位点特异重组的完全可解模型
摘要：Cre-lox系统和其他系统被用作遗传工具，以控制基因组DNA中的位点特异性重组事件。如果多个重组位点在同一基因组中组织成一个紧密的簇，一系列随机的重组事件可能会产生大量细胞特异性的基因组多样性。例如，这种多样性被用来区分同一多细胞马赛克生物的大脑中的神经元，在神经元连接组的脑波方法中使用。在本文中，我们研究了一个可求解的统计模型，用于在一簇重组位点上进行SSR。我们考虑了两种类型的重组事件：倒位和切割。这两种事件都可在Cre-lox系统中使用。我们推导了由多个重组事件生成的序列的三个性质。首先，我们描述了原则上可以由对给定初始序列进行多次倒位而生成的序列集合。我们将这种描述称为遍历性定理。在此描述的基础上，我们计算了可以从初始序列生成的序列的数量。这个序列的数量可以通过实验进行测试。其次，我们证明在大量随机倒位之后，可以以相等概率生成的所有可能序列都会生成。最后，我们推导了在切割事件比倒位事件少得多（例如在shufflon序列中）的极限情况下，作为时间函数的序列被找到的概率的方程。
作者：Yi Wei and Alexei Koulakov
论文ID：1112.5678
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2014-06-30