DNA主链在介导B-DNA电子激发的转变起源中的重要作用——来自长程修正TDDFT和定量NTO分析的启示
摘要：通过使用最近提出的QNTO分析[J.-H. Li, J.-D. Chai, G. Y. Guo and M. Hayashi, Chem. Phys. Lett., 2011, 514, 362.] 结合长程修正的TDDFT计算，我们系统地研究了巨大分子系统电子激发的可能复杂过渡起因。以胸腺嘧啶（Thy）相关的生物分子B-DNA的激发为例，模型系统是从完整的或X射线晶体（PDB代码3BSE）B-DNA结构中抽取的，至少包含一个Thy。在第一部分中，我们考虑了由核心分子片段（例如Thy，二Thy）和周围感兴趣的物理/化学环境（例如骨架，相邻堆叠的碱基）组成的系统，并检查核心的激发性质如何对环境的变化做出响应。我们发现DNA骨架和周围碱基提供的轨道常常参与Thy相关激发的过渡，从而影响其成分、吸收能量和振子强度。在第二部分中，我们考虑了来自不同来源（理想和3BSE）的各种B-DNA片段（例如di-Thy，dTpdT）的几何诱导的激发性质的变化。发现这些片段的几个Thy相关激发的过渡起因对轻微的构象变化敏感，这表明在细胞中具有热运动的DNA时不时呈现出非常不同的光诱导物理和/或化学过程。
作者：Jian-Hao Li, Jeng-Da Chai, Guang-Yu Guo, Michitoshi Hayashi
论文ID：1111.5151
分类：Chemical Physics
分类简称：physics.chem-ph
提交时间：2023-07-19