蛋白质的多尺度组织结构通过图分割和鲁棒性分析：应用于肌球蛋白-肌球蛋白轻链相互作用
摘要：蛋白质的多尺度时空组织被广泛认为是非常重要的，然而大多数计算工具只能访问有限的时间和空间尺度范围，因此忽略了不同尺度之间复杂耦合对蛋白质行为的影响。本研究从以物理-化学为基础的原子级相互作用网络出发，引入一种基于多尺度图分割的方法，可以揭示蛋白质在整个尺度范围内的分区和组织水平，展示不同组织水平上发生的生物学特征并跟踪其在不同尺度上的影响。此外，我们介绍了一种鲁棒性度量方法，通过生成生物化学驱动的随机图模型来量化分区的相关性。我们将该方法应用于疟原虫分子马达中的肌原尾部相互作用蛋白的四种不同构象，并研究了实验观测到的性质，例如闭合机制、保守的簇的存在，以及通过计算突变分析鉴定与结合相关的关键残基。
作者：Antoine Delmotte, Edward W Tate, Sophia N Yaliraki, Mauricio Barahona
论文ID：1109.4232
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2011-09-21