原核基因组中不同碱基周期性的共存与DNA曲率、超螺旋和转录相关。
摘要：解析大肠杆菌启动子中的周期模式，并比较启动子中相应模式及整个基因组中的分布以阐明其功能。除了与编码区域中的三碱基周期性一致，在转录起始点（TS）下游区域也逐渐增强外，所有其他显著的周期性都在TS上游达到峰值。我们发现基因组序列中存在约为B-螺旋尺寸10.2-10.5 bp和A-螺旋尺寸10.8-11.1 bp的螺旋周期性共存。我们将具有A-、B-和Z-类DNA周期性的区段分布图映射到大肠杆菌基因组上。当它们的强度增强时，这三种周期性倾向于集中在非编码区域，并在启动子序列中占主导地位。与现有实验数据的比较表明，具有最明显周期性的启动子可能与超螺旋敏感基因相关。
作者：G.I. Kravatskaya, Y.V. Kravatsky, V.R. Chechetkin, V.G. Tumanyan
论文ID：1107.4220
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2011-07-22