设计（伪结对）RNA算法的组合框架
摘要：统一RNA折叠动态规划中的伪结构算法扩展了Finkelstein和Roytberg引入的超图表示。RNA动态规划能量最小化、配分函数、碱基对概率等经典应用在该框架中得到了重新表述，从而产生了非常简单的算法。这种重新表述使得人们可以在概念上将构象空间/能量模型（由超图模型捕获）与具体应用分离开来，假定分解的不明确性。为了确保后者的性质，我们提出了一种基于生成函数的新型组合方法。通过提取加权分布的广义矩算法，扩展了一种由Miklos等人提出的先前方法的通用应用集合。最后，我们将我们的全面计划应用于三个示例性的构象空间（二级结构、Akutsu的简单类型伪结构和接吻发夹）。这立即给出了一组算法，这些算法要么是新颖的，要么在动态规划的最小化和Boltzmann系列应用的复杂性上与经典实现相比具有可比性。
作者：Yann Ponty (INRIA Saclay - Ile de France, LIX), C''edric Saule (INRIA Saclay - Ile de France, LRI, IRIC)
论文ID：1106.3771
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2011-06-21