蛋白质结构距离矩阵的最优对齐算法工程
摘要：计算生物学中蛋白质结构比对是一个重要的问题。本文介绍了在使用流行的Dali评分函数下，证明了蛋白质间残基距离矩阵的成对比对的第一个成功案例。我们正式介绍了结构比对问题，并将先前工作中使用的各种评分函数表达为统一框架中的特殊情况。此外，我们提出了第一个基于稠密残基距离矩阵计算最优结构比对的数学模型。因此，我们将该问题重新表述为一个特殊的图问题，并给出一个紧密的整数线性规划模型。然后，我们提出了算法工程技术来处理实际距离矩阵比对问题的巨大整数线性规划。应用这些技术，我们可以首次计算出经过验证的Dali最优比对。
作者：Inken Wohlers (MAC4), Rumen Andonov (INRIA - IRISA), Gunnar W. Klau (MAC4)
论文ID：1104.2995
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2011-04-18