越过共识：利用下一代基因组测序解析口蹄疫病毒宿主体内病毒种群多样性
摘要：单个宿主中病毒种群的序列多样性是选择和随后进化RNA病毒（如口蹄疫病毒）的起始物质。本研究使用基因组分析仪平台（Illumina）上的下一代测序（NGS）对来自同一动物的两个牛上皮样本（足部病变）和感染实验中使用的接种菌进行了比较。通过重复测序运行确定基因组序列，并通过NGS确定接种菌和Sanger方法确定的一致序列相同。然而，NGS揭示了病毒种群的精细多态亚结构，包括仅在50％以下频率出现的核苷酸变异以及以1％以下比例存在的变异。在一些较高频率的多态性中，编码与肝素硫酸盐结合相关的密码子的变化，并且在两个足部病变中存在，显示了在哺乳动物宿主中复制的组织培养适应病毒进化的中间阶段。在接种菌和两个足部病变中，我们分别鉴定了2,622个、1,434个和1,703个多态性：大多数替代发生在种群的一小部分中，代表了在任何选择压力开始之前的最近细胞复制的后代。我们估计细胞内病毒的全基因组突变率的上限为每个核苷酸为7.8 x 10-4。NGS实现的更深层次的检测表明，该方法是解析宿主中FMDV种群的强大且有价值的工具。
作者：Marco J. Morelli, Caroline F. Wright, Ga"el Th''ebaud, Nick J. Knowles, Pawel Herzyk, David J. Paton, Daniel T. Haydon, Donald P. King
论文ID：1101.5371
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2011-01-28