展开组在蛋白质组中是否普遍存在？
摘要：蛋白质展开组是最近用来指代内在无序蛋白质宇宙的术语。这些蛋白质特征是其拥有高度灵活的可互换构象，因此它们可以与许多目标相互作用，而无需事先存在立体化学互补性。已有研究认为内在无序蛋白质在蛋白质组中很常见，同时有序蛋白质中也存在无序结构。然而，一些研究对这些观点提出了一些质疑。本文通过使用蛋白质序列中主要由促进顺序或促进无序的残基组成的可能性的比率S，来估计几种生物体中内在无序蛋白质的频率。我们扫描了古生菌、细菌和真核生物的一些蛋白质组。我们得到了以下结果：古生菌为1.63％，细菌为3.91％，真核生物为16.35％。我们发现的频率可以被认为是蛋白质组中内在无序蛋白质真实频率的上限。我们的估计比之前的几项研究较低。在蛋白质数据库（PDB）中搜索未观察到残基片段的蛋白质扫描结果显示，长度超过30个氨基酸的未观察到的残基片段很少见。我们的观察结果支持了展开组的普遍估计往往被高估的观点。除了一些例外，结构功能模式通常是有效的，结构之间的先前的立体化学互补性仍然是生物大分子间相互作用的一个重要要求。
作者：Antonio Deiana, Andrea Giansanti
论文ID：1012.5909
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2010-12-30