基于规则的系统的可成块抽象化
摘要：信号通路的诱导特点是蛋白质的瞬态复合物形成和相互的翻译后修饰。在系统生物学中，准确地捕获这种组合过程是一个重要的挑战。在大多数结合和修饰事件受到有限上下文的影响的基础上，人们尝试通过分割可达的分子种类来减少组合复杂性，从而保留了热力学极限的确定性语义。最近我们提出了一种保存随机语义的分割方案，并且这个分割方案是完备的，因为可以从聚合语义中恢复个体物种的语义。在本文中，我们证明了这种分割方案具有足够的弱可合并性，并且它在原始和聚合转换系统之间产生了一个反向的马尔可夫双模拟。我们以EGF/胰岛素受体串扰案例研究为例，说明了这个框架。
作者：Jerome Feret (INRIA, Paris, France), Thomas Henzinger (Institute of Science and Technology, Vienna, Austria), Heinz Koeppl (EPFL, Lausanne, Switzerland), Tatjana Petrov (EPFL, Lausanne, Switzerland)
论文ID：1011.0496
分类：Computational Engineering, Finance, and Science
分类简称：cs.CE
提交时间：2010-11-03