从嵌入的子模型导出的系统发生速率矩阵的马尔可夫不变量
摘要：嵌入模型中的速率矩阵的新颖系统发生模型考虑，这些矩阵是通过将祖先模型嵌入到较小的特征状态中得到的，然后嵌入到较大的特征状态的目标模型中。根据最近对一般速率矩阵模型中马尔科夫不变量的研究的表示论结果，我们提供了一种在这种“对称嵌入”模型中识别和计算马尔科夫不变量的方法，并对低维情况下的这些模型进行了枚举。最简单的例子是一个由一般2状态模型构建的3状态目标模型；“2->3”嵌入模型。我们证明对于2个分类单元，有两个二次程度的不变量，可以用来直接根据该模型下的观察序列推断两两距离。一个简单的模拟研究验证了它们的理论期望值，并且暗示了在模型类别合适的情况下，它们比标准的（对数）行列式不变量（在此情况下为三次程度）具有更大的统计能力。
作者：P. D. Jarvis and J. G. Sumner
论文ID：1008.1121
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2010-08-09