有序树中种子的高效链接
摘要：通过链式种子在有序树中的问题 在这里我们考虑链式种子在有序树中的问题。种子是两个树Q和T之间的映射，链式是一组非重叠种子的子集，满足后缀顺序和祖先关系的一致性。这个问题是序列的类似问题的自然扩展，并且在计算生物学中有应用，比如挖掘RNA次级结构的数据库。对于一组固定大小m的链式问题，我们描述了一个算法，时间复杂度为O(m2 log(m))，空间复杂度为O(m2)。
作者：Julien Allali (LaBRI), C''edric Chauve, Pascal Ferraro (LaBRI, PIMS), Anne-Laure Gaillard (LaBRI)
论文ID：1007.0942
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2015-05-19