马达蛋白质中的机械化学运动的非线性
摘要：蛋白质分子对热噪声或结构扰动的线性响应假设被广泛应用于蛋白质动力学的研究中。传统上，蛋白质中的构象运动是通过正常模式进行分析的，并且通常将在这种大分子中的热波动的实验数据解释为正常模式的激发。我们选择了两个重要的蛋白质驱动机构——肌动蛋白V和动力蛋白KIF1A，并在粗粒化弹性网络近似下进行了它们的构象弛豫特性的数值研究。我们发现，在配体诱导的构象运动中，线性假设是不足的，甚至在特征热波动中也可能被违反。这种不足在KIF1A中尤为明显，正常模式描述完全无法描述功能机械化学运动。这些结果表明，蛋白质动力学理论的重要假设可能需要重新考虑。单一正常模式或多个正常模式的叠加都无法近似强非线性动力学。
作者：Yuichi Togashi, Toshio Yanagida, Alexander S. Mikhailov
论文ID：1006.1439
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2010-06-21