生物网络模拟进化的C语言库
摘要：模拟生物网络的进化可以用于生成功能网络并探索自然进化的假设。少数研究已经展示了如何利用模拟进化来研究生化网络所涵盖的功能空间、研究自然进化或设计新的合成网络。如果有一种能够方便地进行这种研究的方法，将使研究人员能够进一步通过模拟进化进行实验并探索其所有用途。因此，我们开发了一个用C语言编写的库，可执行进行生物网络的模拟进化所需的所有基本功能。该库包括一个通用遗传算法以及专门用于进化遗传网络、蛋白质网络或质量作用网络的遗传算法。该库还带有用于模拟这些网络的函数。用户需要指定所需的功能。界面提供给用户，以便他们熟悉库中的所有可用选项。该库是免费和开源的，使用BSD许可证，可在evolvenetworks.sourceforge.net上获得。它可以在所有主要平台上构建。代码可以使用跨平台的make（CMake）最方便地编译。
作者：Deepak Chandran and Herbert M. Sauro
论文ID：1005.2588
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2010-05-17