基于形状的ChIP-Seq峰值识别
摘要：新的基于拓扑数据分析的算法用于ChIP-seq实验中有界区域的识别。该方法基于持续性的概念，通过对读取覆盖数据进行基于树状统计的非参数化分析，从而解决了在实验中噪声带来的问题。具体而言，该方法将峰值调用问题简化为了对基于数据的树状统计量的研究。我们通过现有数据集验证了该方法的准确性，并且展示了它能够发现先前被错过的区域，并更清楚地区分多个结合事件。T-PIC（Tree shape Peak Identification for ChIP-Seq）软件可以在 http://math.berkeley.edu/~vhower/tpic.html 上获取。
作者：Valerie Hower, Steven N. Evans, and Lior Pachter
论文ID：1005.0793
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2010-05-06