DNA-蛋白质相互作用的动力学与动力模型的比较及促进扩散
摘要：蛋白质如转录因子在定位基因组DNA序列时，其速率比三维扩散限制提高数个数量级，这是由于促进扩散的结果，即一维（沿DNA滑动）和三维扩散的组合。多年来，这一观点得到了多个质量行动动力学模型的支持，而我们最近提出的动力学模型（J. Chem. Phys. 130, 015103 (2009)）表明，由于促进扩散导致的靶向加速效果并不大。为了解决这一明显的矛盾，我们进行了额外的模拟，将我们的模型的结果与Klenin等人的动力学模型（Phys. Rev. Letters 96, 018104 (2006)）的结果进行比较。我们在本文中表明，这两个模型实际上互相支持，并且在预测促进扩散的效率较低方面达成一致。将这些结果外推到实际系统甚至表明，与三维扩散相比，促进扩散必定会减慢靶向过程。
作者：Ana-Maria Florescu, Marc Joyeux
论文ID：1004.2832
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2010-09-27