发现远程蛋白质同源性的反向翻译
摘要：蛋白质编码DNA序列中的移码突变会导致结果蛋白质序列发生剧变，从而使传统的蛋白质比对方法无法揭示这些蛋白质的共同起源。而且，当大量的替代进一步涉及到分歧时，即使在DNA水平上，同源性检测也变得困难。为了应对这种情况，我们提出了一种新方法，用于推断两个蛋白质的遥远同源关系，该方法考虑到可能影响编码序列的移码和碱基突变。我们设计了一种动态规划比对算法，针对每个蛋白质的所有可能的DNA序列使用高效的图表示，并根据设计的强大评分系统确定具有最佳评分比对的两个DNA序列。这使我们能够揭示传统比对方法无法捕捉到的进化信息，这在生物学上具有重要意义的示例中得到了证实。
作者：Marta L. G^irdea (LIFL, INRIA Lille - Nord Europe), Laurent No''e (LIFL, INRIA Lille - Nord Europe), Gregory Kucherov (LIFL, INRIA Lille - Nord Europe)
论文ID：1001.4603
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2011-01-18