EMDB中超分子蛋白质组装的构象动力学
摘要：电子显微镜数据库（EMDB）是一个快速增长的仓库，用于传播来自单粒子重建的超分子蛋白质组装的结构数据，包括马达、伴侣蛋白、细胞骨架组装和病毒衣壳。虽然这些组装的静态结构能够提供对其生物功能的重要见解，但其构象动力学和力学也能够提供关于其生物功能机制的其他重要信息。在这里，我们提出了一个无监督的计算框架，用于分析和存储在EMDB中存储的超分子蛋白质组装的构象动力学，以供公众访问。构象动力学使用有限元框架中的正常模式分析进行分析，用于计算目前存储在EMDB中的681个条目中的452个条目的平衡热扰动、分子运动的交叉相关性和应变能分布。详细介绍了乙型肝炎病毒衣壳、核糖体结合终止因子RF2和GroEL的构象动力学，并使用全原子模型进行验证。EMDB中蛋白质组装的构象动力学可能对其生物功能的解释以及基于EM的结构的分类和改善有用。
作者：Do-Nyun Kim, Cong-Tri Nguyen and Mark Bathe
论文ID：1001.0740
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2010-01-06